Na južni strani ladje je ohranjena gotska freska sv. Krištofa. Notranjščina je veilka baročna dvorana, ki jo ob strani spremljajo trije pari plitvih kapel in galerij ter dve večji kapeli sv. Ksaverja in roženvenska kapela. poslikava je Brollova iz leta 1885, v prezbiteriju F. I. Flurerja iz leta 1722, v Ksaverjevi kapeli Laubmana iz leta 1738 in v roženvenski kapeli A. Lerhingerja iz tretje četrtine 18. stoletja. V cerkvenih stenah je več nagrobnikov iz srede 16. in 18. stoletja, vhod v krstilnico pa zapira lepa železna kovana baročna mreža. Vsi oltarji, kip Janeza Nepomuka, kiparski okras spovednice in krstilnika ter prižnica, so Holzingerjevo delo, oltarna slika Jernejevega poveličevanja pa je delo baročnega slikarja Kremzer - Schmidta. Znamenitost cerkve so tudi orgle.

Kip Antona Martina Slomška stoji danes na terasi med zupnišcem in cerkvijo sv. Jerneja. Gre za delo mariborskega kiparja Sojča, ki ga je sklesal ob priliki dograditve Slomškovega doma v letu 1938. Prvotno so ga postavili na podstavek južne fasade doma. Ob nemški okupaciji leta 1941 so ga zavedni domačini prenesli pod zvonico župne cerkve. Na sedanje mesto so ga od tam prestavili na novi podstavek kulturni delavci mesta in župnija v letu 1991.